איך מותר להתפלל על החיסרון?

הרב חוזר על עקרונות הספר ומסביר מדוע היה חשוב לר' חיים לדבר על התפילה ומדוע זה שייך לאמירת ריה"ל: "שורש האמונה ושורש המרי". בהמשך הרב מתחיל את פרק י"א ומסביר על הכוונה הראויה בתפילה ועל השייכות של דברים אלו לדברי הרמח"ל במסילת ישרים פרק י"ט. הרב הרב מבאר מדוע תפילה פרטית כביכול תורמת ל"תיקון העולם" ואיך מותר להתפלל על החיסרון שהקב"ה בחר שיהיה במציאות? נפש החיים, שער ב', פרק י"א.